Changeset 7786

Show
Ignore:
Timestamp:
07/15/09 11:48:37 (13 months ago)
Author:
dragisak
Message:

Add sample journals to Ambra RPM.

They will be installed in /usr/local/ambrta/templates directory.

References #919

Location:
head
Files:
4 added
6 modified

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • head/ambra/journals/pom.xml

    r7772 r7786  
    1414  </parent> 
    1515 
     16  <build> 
     17    <plugins> 
     18      <plugin> 
     19        <artifactId>maven-assembly-plugin</artifactId> 
     20        <executions> 
     21          <execution> 
     22            <phase>package</phase> 
     23            <goals> 
     24              <goal>attached</goal> 
     25            </goals> 
     26          </execution> 
     27        </executions> 
     28        <configuration> 
     29          <descriptors> 
     30            <descriptor>src/main/assembly/assembly.xml</descriptor> 
     31          </descriptors> 
     32        </configuration> 
     33      </plugin> 
     34    </plugins> 
     35  </build> 
     36 
    1637</project> 

  • head/ambra/webapp/src/main/resources/ambra/configuration/defaults.xml

    r7771 r7786  
    8181    <virtualJournals> 
    8282      <!-- Location of journal template files --> 
    83       <templateDir>/var/ambra</templateDir> 
     83      <templateDir>/usr/local/ambra/templates</templateDir> 
    8484      <!-- config for default journal --> 
    8585      <default>AmbraJournal</default> 

  • head/ambra/webapp/src/main/resources/defaults-dev.xml

    r7764 r7786  
    6868    <!-- virtual journal config --> 
    6969    <virtualJournals> 
     70      <templateDir>/usr/local/ambra/templates</templateDir> 
    7071      <default>PLoSDefault</default> 
    7172      <journals>PLoSDefault,PLoSClinicalTrials,PLoSCompBiol,PLoSGenetics,PLoSNTD,PLoSONE,PLoSPathogens</journals> 

  • head/packages/ambra/pom.xml

    r7755 r7786  
    2525      <version>${pom.version}</version> 
    2626      <type>war</type> 
     27    </dependency> 
     28    <dependency> 
     29      <groupId>org.topazproject</groupId> 
     30      <artifactId>journals</artifactId> 
     31      <version>${pom.version}</version> 
     32      <type>tar.gz</type> 
     33      <classifier>journals</classifier> 
    2734    </dependency> 
    2835    <dependency> 
    … …  
    136143                </mapping> 
    137144                <mapping> 
     145                  <directory>/usr/local/ambra/templates</directory> 
     146                  <filemode>755</filemode> 
     147                  <username>topaz</username> 
     148                  <groupname>topaz</groupname> 
     149                  <sources> 
     150                    <source> 
     151                      <location>${project.build.directory}/${project.build.finalName}-tomcat.dir/templates</location> 
     152                    </source> 
     153                  </sources> 
     154                </mapping> 
     155                <mapping> 
    138156                  <directory>/usr/share/doc/ambra</directory> 
    139157                  <documentation>true</documentation> 

  • head/packages/ambra/src/main/assembly/assembly.xml

    r7776 r7786  
    4949    <dependencySet> 
    5050      <outputDirectory>/webapps/ROOT</outputDirectory> 
    51       <outputFileNameMapping></outputFileNameMapping> 
    5251      <unpack>true</unpack> 
    5352      <useProjectArtifact>false</useProjectArtifact> 
    … …  
    5857    <dependencySet> 
    5958      <outputDirectory>/webapps/${artifact.artifactId}</outputDirectory> 
    60       <outputFileNameMapping></outputFileNameMapping> 
    6159      <unpack>true</unpack> 
    6260      <useProjectArtifact>false</useProjectArtifact> 
    … …  
    7068    <dependencySet> 
    7169      <outputDirectory>/</outputDirectory> 
    72       <outputFileNameMapping></outputFileNameMapping> 
    7370      <unpack>true</unpack> 
    7471      <useProjectArtifact>false</useProjectArtifact> 
    … …  
    7774      </includes> 
    7875    </dependencySet> 
     76    <dependencySet> 
     77      <outputDirectory>/templates</outputDirectory> 
     78      <unpack>true</unpack> 
     79      <useProjectArtifact>false</useProjectArtifact> 
     80      <includes> 
     81        <include>org.topazproject:journals:tar.gz:*</include> 
     82      </includes> 
     83    </dependencySet> 
    7984  </dependencySets> 
    8085</assembly> 

  • head/packages/ambra/src/main/resources/ambra.xml

    r7764 r7786  
    4848      <appContext></appContext> 
    4949      <!-- common display constants --> 
    50       <name>PLoS</name> 
     50      <name>Ambra</name> 
    5151      <email> 
    52         <general>webmaster@plos.org</general> 
    53         <feedback>webmaster@plos.org</feedback> 
     52        <general>webmaster@ambraproject.org</general> 
     53        <feedback>webmaster@ambraproject.org</feedback> 
    5454      </email> 
    5555      <copyright> 
    … …  
    8080    <!-- Overlay journal config --> 
    8181    <virtualJournals> 
     82      <templateDir>/usr/local/ambra/templates</templateDir> 
    8283      <default>AmbraJournal</default> 
    83       <journals>AmbraJournal,PLoSClinicalTrials,PLoSCompBiol,PLoSGenetics,PLoSNTD,PLoSONE,PLoSPathogens</journals> 
     84      <journals>AmbraJournal,OverlayJournal</journals> 
    8485    </virtualJournals> 
    8586 
    … …  
    9596            </representation> 
    9697            <annotation> 
    97               <pidNs>PLoS</pidNs> <!-- must be configured in "retainPIDs" of fedora.fcfg --> 
     98              <pidNs>Ambra</pidNs> <!-- must be configured in "retainPIDs" of fedora.fcfg --> 
    9899              <uriPrefix>${ambra.aliases.annoteaBodyId}</uriPrefix> 
    99100            </annotation> 
    … …  
    123124      <!-- defaults for generating an Atom Feed --> 
    124125      <feed> 
    125         <title>PLoS ONE</title> 
     126        <title>Ambra Journal</title> 
    126127        <tagline>Publishing science, accelerating research</tagline> 
    127128        <icon>${webserver-url}images/favicon.ico</icon> 
    128129        <!-- Unique id. Should change for different criteria --> 
    129         <id>info:doi/1371/feed.pone</id> 
     130        <id>info:doi/1371/feed.ambra</id> 
    130131        <extended> 
    131132          <!-- namespace prefix for custom elements --> 
    132           <prefix>plos</prefix> 
     133          <prefix>ambra</prefix> 
    133134          <!-- custom element namespace --> 
    134           <namespace>http://www.plos.org/atom/ns#plos</namespace> 
     135          <namespace>http://www.ambraproject.org/atom/ns#ambra</namespace> 
    135136        </extended> 
    136137        <!-- Path to feeds after journal context --> 
    … …  
    156157              <large quality="80" /> 
    157158            </imageSet> 
    158             <imageSet name="issueImage"> 
    159               <small width="120" /> 
    160             </imageSet> 
    161159          </imageSetConfigs> 
    162160        </imageMagick> 
    … …  
    170168          </doiurl> 
    171169          <!-- email address to send info to --> 
    172           <email>plosdoi@plos.org</email> 
     170          <email>ambradoi@ambraproject.org</email> 
    173171        </plos> 
    174172        <!-- crossref login --> 
    … …  
    182180       
    183181      <alm> 
    184         <url>http://alm.plos.org</url> 
     182        <url>http://alm.ambraproject.org</url> 
    185183      </alm> 
    186184    </services> 
    … …  
    188186    <articleTypeList> 
    189187      <articleType> 
    190         <typeUri>http://rdf.plos.org/RDF/articleType/1</typeUri> 
     188        <typeUri>http://rdf.ambraproject.org/RDF/articleType/1</typeUri> 
    191189        <typeHeading>Unclassified</typeHeading> 
    192190        <default>true</default> 
    … …  
    194192      </articleType> 
    195193      <articleType> 
    196         <typeUri>http://rdf.plos.org/RDF/articleType/Message%20from%20the%20Founders</typeUri> 
    197         <typeHeading>Message from the Founders</typeHeading> 
    198         <typeCode>founder_message</typeCode> 
    199       </articleType> 
    200       <articleType> 
    201         <typeUri>http://rdf.plos.org/RDF/articleType/Message%20from%20the%20PLoS%20Founders</typeUri> 
    202         <typeHeading>Message from the PLoS Founders</typeHeading> 
    203         <typeCode>plos_founder_message</typeCode> 
    204       </articleType> 
    205       <articleType> 
    206         <typeUri>http://rdf.plos.org/RDF/articleType/Message%20from%20PLoS</typeUri> 
    207         <typeHeading>Message from PLoS</typeHeading> 
    208         <typeCode>plos_message</typeCode> 
    209       </articleType> 
    210       <articleType> 
    211         <typeUri>http://rdf.plos.org/RDF/articleType/Editorial</typeUri> 
    212         <typeHeading>Editorial</typeHeading> 
    213         <typeCode>editorial</typeCode> 
    214       </articleType> 
    215       <articleType> 
    216         <typeUri>http://rdf.plos.org/RDF/articleType/Online%20Only:%20Editorial</typeUri> 
    217         <typeHeading>Online Only: Editorial</typeHeading> 
    218         <typeCode>editorial_online_only</typeCode> 
    219       </articleType> 
    220       <articleType> 
    221         <typeUri>http://rdf.plos.org/RDF/articleType/Overview</typeUri> 
    222         <typeHeading>Overview</typeHeading> 
    223         <typeCode>overview</typeCode> 
    224       </articleType> 
    225       <articleType> 
    226         <typeUri>http://rdf.plos.org/RDF/articleType/Message%20from%20ISCB</typeUri> 
    227         <typeHeading>Message from ISCB</typeHeading> 
    228         <typeCode>message_from_iscb</typeCode> 
    229       </articleType> 
    230       <articleType> 
    231         <typeUri>http://rdf.plos.org/RDF/articleType/Synopsis</typeUri> 
    232         <typeHeading>Synopsis</typeHeading> 
    233         <typeCode>synopsis</typeCode> 
    234       </articleType> 
    235       <articleType> 
    236         <typeUri>http://rdf.plos.org/RDF/articleType/Education</typeUri> 
    237         <typeHeading>Education</typeHeading> 
    238         <typeCode>education</typeCode> 
    239       </articleType> 
    240       <articleType> 
    241         <typeUri>http://rdf.plos.org/RDF/articleType/Interview</typeUri> 
    242         <typeHeading>Interview</typeHeading> 
    243         <typeCode>interview</typeCode> 
    244       </articleType> 
    245       <articleType> 
    246         <typeUri>http://rdf.plos.org/RDF/articleType/Debate</typeUri> 
    247         <typeHeading>Debate</typeHeading> 
    248         <typeCode>debate</typeCode> 
    249       </articleType> 
    250       <articleType> 
    251         <typeUri>http://rdf.plos.org/RDF/articleType/The%20PLoS%20Medicine%20Debate</typeUri> 
    252         <typeHeading>The PLoS Medicine Debate</typeHeading> 
    253         <typeCode>plos_medicine_dabate</typeCode> 
    254       </articleType> 
    255       <articleType> 
    256         <typeUri>http://rdf.plos.org/RDF/articleType/Viewpoints</typeUri> 
    257         <typeHeading>Viewpoints</typeHeading> 
    258         <typeCode>viewpoints</typeCode> 
    259       </articleType> 
    260       <articleType> 
    261         <typeUri>http://rdf.plos.org/RDF/articleType/Expert%20Commentary</typeUri> 
    262         <typeHeading>Expert Commentary</typeHeading> 
    263         <typeCode>expert_commentary</typeCode> 
    264       </articleType> 
    265       <articleType> 
    266         <typeUri>http://rdf.plos.org/RDF/articleType/Essay</typeUri> 
    267         <typeHeading>Essay</typeHeading> 
    268         <typeCode>essay</typeCode> 
    269       </articleType> 
    270       <articleType> 
    271         <typeUri>http://rdf.plos.org/RDF/articleType/Feature</typeUri> 
    272         <typeHeading>Feature</typeHeading> 
    273         <typeCode>feature</typeCode> 
    274       </articleType> 
    275       <articleType> 
    276         <typeUri>http://rdf.plos.org/RDF/articleType/Unsolved%20Mystery</typeUri> 
    277         <typeHeading>Unsolved Mystery</typeHeading> 
    278         <typeCode>unsolved_mystery</typeCode> 
    279       </articleType> 
    280       <articleType> 
    281         <typeUri>http://rdf.plos.org/RDF/articleType/Neglected%20Diseases</typeUri> 
    282         <typeHeading>Neglected Diseases</typeHeading> 
    283         <typeCode>neglected_diseases</typeCode> 
    284       </articleType> 
    285       <articleType> 
    286         <typeUri>http://rdf.plos.org/RDF/articleType/Special%20Report</typeUri> 
    287         <typeHeading>Special Report</typeHeading> 
    288         <typeCode>special_report</typeCode> 
    289       </articleType> 
    290       <articleType> 
    291         <typeUri>http://rdf.plos.org/RDF/articleType/Opinion</typeUri> 
    292         <typeHeading>Opinion</typeHeading> 
    293         <typeCode>opinion</typeCode> 
    294       </articleType> 
    295       <articleType> 
    296         <typeUri>http://rdf.plos.org/RDF/articleType/Perspective</typeUri> 
    297         <typeHeading>Perspective</typeHeading> 
    298         <typeCode>perspective</typeCode> 
    299       </articleType> 
    300       <articleType> 
    301         <typeUri>http://rdf.plos.org/RDF/articleType/Historical%20and%20Philosophical%20Perspectives</typeUri> 
    302         <typeHeading>Historical and Philosophical Perspectives</typeHeading> 
    303         <typeCode>historical_and_philosphical_perspectives</typeCode> 
    304       </articleType> 
    305       <articleType> 
    306         <typeUri>http://rdf.plos.org/RDF/articleType/Book%20Review</typeUri> 
    307         <typeHeading>Book Review</typeHeading> 
    308         <typeCode>book_review</typeCode> 
    309       </articleType> 
    310       <articleType> 
    311         <typeUri>http://rdf.plos.org/RDF/articleType/Book%20Review%2FScience%20in%20the%20Media</typeUri> 
    312         <typeHeading>Book Review/Science in the Media</typeHeading> 
    313         <typeCode>bookreview_science_in_the_media</typeCode> 
    314       </articleType> 
    315       <articleType> 
    316         <typeUri>http://rdf.plos.org/RDF/articleType/Obituary</typeUri> 
    317         <typeHeading>Obituary</typeHeading> 
    318         <typeCode>obituary</typeCode> 
    319       </articleType> 
    320       <articleType> 
    321         <typeUri>http://rdf.plos.org/RDF/articleType/Journal%20Club</typeUri> 
    322         <typeHeading>Journal Club</typeHeading> 
    323         <typeCode>journal_club</typeCode> 
    324       </articleType> 
    325       <articleType> 
    326         <typeUri>http://rdf.plos.org/RDF/articleType/Primer</typeUri> 
    327         <typeHeading>Primer</typeHeading> 
    328         <typeCode>primer</typeCode> 
    329       </articleType> 
    330       <articleType> 
    331         <typeUri>http://rdf.plos.org/RDF/articleType/Community%20Page</typeUri> 
    332         <typeHeading>Community Page</typeHeading> 
    333         <typeCode>community_page</typeCode> 
    334       </articleType> 
    335       <articleType> 
    336         <typeUri>http://rdf.plos.org/RDF/articleType/Health%20in%20Action</typeUri> 
    337         <typeHeading>Health in Action</typeHeading> 
    338         <typeCode>health_in_action</typeCode> 
    339       </articleType> 
    340       <articleType> 
    341         <typeUri>http://rdf.plos.org/RDF/articleType/Policy%20Platform</typeUri> 
    342         <typeHeading>Policy Platform</typeHeading> 
    343         <typeCode>policy_platform</typeCode> 
    344       </articleType> 
    345       <articleType> 
    346         <typeUri>http://rdf.plos.org/RDF/articleType/Policy%20Forum</typeUri> 
    347         <typeHeading>Policy Forum</typeHeading> 
    348         <typeCode>policy_forum</typeCode> 
    349       </articleType> 
    350       <articleType> 
    351         <typeUri>http://rdf.plos.org/RDF/articleType/Guidelines%20and%20Guidance</typeUri> 
    352         <typeHeading>Guidelines and Guidance</typeHeading> 
    353         <typeCode>guidelines_and_guidance</typeCode> 
    354       </articleType> 
    355       <articleType> 
    356         <typeUri>http://rdf.plos.org/RDF/articleType/Historical%20Profiles%20and%20Perspectives</typeUri> 
    357         <typeHeading>Historical Profiles and Perspectives</typeHeading> 
    358         <typeCode>historical_profiles_and_perspectives</typeCode> 
    359       </articleType> 
    360       <articleType> 
    361         <typeUri>http://rdf.plos.org/RDF/articleType/From%20Innovation%20to%20Application</typeUri> 
    362         <typeHeading>From Innovation to Application</typeHeading> 
    363         <typeCode>from_innovation_to_application</typeCode> 
    364       </articleType> 
    365       <articleType> 
    366         <typeUri>http://rdf.plos.org/RDF/articleType/Research%20in%20Translation</typeUri> 
    367         <typeHeading>Research in Translation</typeHeading> 
    368         <typeCode>resarch_in_translation</typeCode> 
    369       </articleType> 
    370       <articleType> 
    371         <typeUri>http://rdf.plos.org/RDF/articleType/Best%20Practice</typeUri> 
    372         <typeHeading>Best Practice</typeHeading> 
    373         <typeCode>best_practice</typeCode> 
    374       </articleType> 
    375       <articleType> 
    376         <typeUri>http://rdf.plos.org/RDF/articleType/Student%20Forum</typeUri> 
    377         <typeHeading>Student Forum</typeHeading> 
    378         <typeCode>student_forum</typeCode> 
    379       </articleType> 
    380       <articleType> 
    381         <typeUri>http://rdf.plos.org/RDF/articleType/Symposium</typeUri> 
    382         <typeHeading>Symposium</typeHeading> 
    383         <typeCode>symposium</typeCode> 
    384       </articleType> 
    385       <articleType> 
    386         <typeUri>http://rdf.plos.org/RDF/articleType/Learning%20Forum</typeUri> 
    387         <typeHeading>Learning Forum</typeHeading> 
    388         <typeCode>learning_forum</typeCode> 
    389       </articleType> 
    390       <articleType> 
    391         <typeUri>http://rdf.plos.org/RDF/articleType/Case%20Report</typeUri> 
    392         <typeHeading>Case Report</typeHeading> 
    393         <typeCode>case_report</typeCode> 
    394       </articleType> 
    395       <articleType> 
    396         <typeUri>http://rdf.plos.org/RDF/articleType/Pearls</typeUri> 
    397         <typeHeading>Pearls</typeHeading> 
    398       </articleType> 
    399       <articleType> 
    400         <typeUri>http://rdf.plos.org/RDF/articleType/Review</typeUri> 
    401         <typeHeading>Review</typeHeading> 
    402         <typeCode>review</typeCode> 
    403       </articleType> 
    404       <articleType> 
    405         <typeUri>http://rdf.plos.org/RDF/articleType/Technical%20Report</typeUri> 
    406         <typeHeading>Technical Report</typeHeading> 
    407         <typeCode>technical_report</typeCode> 
    408       </articleType> 
    409       <articleType> 
    410         <typeUri>http://rdf.plos.org/RDF/articleType/Research%20Article</typeUri> 
     194        <typeUri>http://rdf.ambraproject.org/RDF/articleType/Research%20Article</typeUri> 
    411195        <typeHeading>Research Article</typeHeading> 
    412196        <typeCode>research_article</typeCode> 
    413197      </articleType> 
    414       <articleType> 
    415         <typeUri>http://rdf.plos.org/RDF/articleType/Correspondence</typeUri> 
    416         <typeHeading>Correspondence</typeHeading> 
    417         <typeCode>correspondence</typeCode> 
    418       </articleType> 
    419       <articleType> 
    420         <typeUri>http://rdf.plos.org/RDF/articleType/Correspondence%20and%20Other%20Communications</typeUri> 
    421         <typeHeading>Correspondence and Other Communications</typeHeading> 
    422         <typeCode>correspondance_and_other_communications</typeCode> 
    423       </articleType> 
    424       <articleType> 
    425         <typeUri>http://rdf.plos.org/RDF/articleType/Reader%20Poll</typeUri> 
    426         <typeHeading>Reader Poll</typeHeading> 
    427         <typeCode>reader_poll</typeCode> 
    428       </articleType> 
    429       <articleType> 
    430         <typeUri>http://rdf.plos.org/RDF/articleType/Quiz</typeUri> 
    431         <typeHeading>Quiz</typeHeading> 
    432         <typeCode>quiz</typeCode> 
    433       </articleType> 
    434       <articleType> 
    435         <typeUri>http://rdf.plos.org/RDF/articleType/Correction</typeUri> 
    436         <typeHeading>Correction</typeHeading> 
    437         <typeCode>correction</typeCode> 
    438       </articleType> 
    439       <articleType> 
    440         <typeUri>http://rdf.plos.org/RDF/articleType/Retraction</typeUri> 
    441         <typeHeading>Retraction</typeHeading> 
    442         <typeCode>retraction</typeCode> 
    443       </articleType> 
    444       <articleType> 
    445         <typeUri>http://rdf.plos.org/RDF/articleType/History/Profile</typeUri> 
    446         <typeHeading>History/Profile</typeHeading> 
    447         <typeCode>history_profile</typeCode> 
    448       </articleType> 
    449       <articleType> 
    450         <typeUri>http://rdf.plos.org/RDF/articleType/Retrospective</typeUri> 
    451         <typeHeading>Retrospective</typeHeading> 
    452         <typeCode>retrospective</typeCode> 
    453       </articleType> 
    454       <articleType> 
    455         <typeUri>http://rdf.plos.org/RDF/articleType/Medical%20Image</typeUri> 
    456         <typeHeading>Medical Image</typeHeading> 
    457         <typeCode>medical_image</typeCode> 
    458       </articleType> 
    459       <articleType> 
    460         <typeUri>http://rdf.plos.org/RDF/articleType/Issue%20Image</typeUri> 
    461         <typeHeading>Issue Image</typeHeading> 
    462         <typeCode>issue_image</typeCode> 
    463         <imageSetConfigName>issueImage</imageSetConfigName> 
    464       </articleType> 
    465198    </articleTypeList> 
    466199 
    467200    <userAlerts> 
    468201      <categories> 
    469         <category key="biology">PLoS Biology</category> 
    470         <category key="computational_biology">PLoS Computational Biology</category> 
    471         <category key="clinical_trials">PLoS Hub for Clinical Trials</category> 
    472         <category key="genetics">PLoS Genetics</category> 
    473         <category key="medicine">PLoS Medicine</category> 
    474         <category key="pathogens">PLoS Pathogens</category> 
    475         <category key="plosntds">PLoS Neglected Tropical Diseases</category> 
    476         <category key="plosone">PLoS ONE</category> 
     202        <category key="ambra">Ambra Journal</category> 
     203        <category key="overlay">Overlay Journal</category> 
    477204      </categories> 
    478       <monthly>biology, clinical_trials, computational_biology, genetics, medicine, pathogens, plosntds</monthly> 
    479       <weekly>biology, clinical_trials, computational_biology, genetics, medicine, pathogens, plosntds, plosone</weekly> 
     205      <monthly>ambra, overlay</monthly> 
     206      <weekly>ambra, overlay</weekly> 
    480207    </userAlerts> 
    481208